Service de Bactériologie-Virologie de Yalgado: 539 échantillons testés à ce jour

Le Service de Bactériologie-Virologie du Centre hospitalier universitaire (CHU) Yalgado Ouédraogo analyse, depuis le 06 avril 2020, les prélèvements faits sur les cas suspects de coronavirus (Covid-19). Le 24 avril 2020, nous y avons effectué une immersion pour nous imprégner du travail qui est fait. Les responsables du centre de diagnostic ont saisi l’occasion pour : expliquer le processus de traitement et d’analyse des échantillons ; exprimer les difficultés rencontrées ; etc. Découvrons les réalités de cette unité, indispensable dans le processus de gestion de la crise sanitaire !

Les échantillons, prélevés sur les cas suspects, sont analysés par l’Unité de Virologie. Depuis le 06 avril 2020, les techniciens y ont examiné cinq cent trente-neuf (539) prélèvements et ont diagnostiqué cent cinq (105) cas positifs sur les trois cent quatre-vingt (380) nouveaux cas détectés.

Dr Gérard Dioma, responsable de l’Unité de Virologie

Selon Dr Gérard Dioma, responsable de l’Unité de Virologie, la capacité d’analyse de l’unité est de quatre-vingt (80) à quatre-vingt-dix (90) échantillons par session (qui dure six (06) heures). Il explique par ailleurs le processus de traitement et d’analyse. « Lorsque nous recevons les échantillons dans notre laboratoire, la première étape consiste à les décontaminer en trempant tous les caissons jusqu’au dernier tube qui contient les prélèvements du patient. Cette phase prend trois (03) à quatre (04) heures de temps pour environ cinquante (50) échantillons. Après, nous réceptionnons et vérifions les informations (nom, prénom, âge) pour voir si les fiches de notifications sont bien renseignées. Nous vérifions aussi le volume et la qualité de l’échantillon. Passée cette étape, nous procédons à l’extraction qui consiste à voir si l’échantillon contient le virus, à extraire le matériel génétique du virus. Cette nouvelle phase prend trois ou quatre heures de temps. Après cette extraction, nous procédons à la détection et à l’amplification. Elle se fait en deux (02) heures, dans un Thermocycleur. Si le matériel génétique du virus est détecté dans un échantillon, celui-ci est déclaré positif. Dans le cas contraire, il est négatif. Enfin, nous remontons les informations pour dégager un rapport de résultats que nous transmettons au président de la commission biologique de lutte contre le coronavirus », indique-t-il.

Les journalistes briefés avant le début de la visite du centre

Le dispositif utilisé pour les tests

Le dispositif utilisé est un système, manuel, fermé et limite les capacités d’analyses de l’unité, affirme Dr Gérard Dioma. « Ce sont des systèmes fermés ; c’est-à-dire que le fabricant n’a permis qu’un certain nombre d’échantillons analysés. C’est problématique pour nos laboratoires. L’idéal, pour nous, c’est d’avoir un système ouvert en extraction et en amplification. Ce système va nous permettre de passer des kits de fabricants différents. Cela va nous permettre de commander les kits là où nous voulons. Nous pourrons aussi les extraire et les amplifier pour la détection sur des systèmes ouverts. Si nous avons ces systèmes ouverts et automatiques, nous aurons une grande capacité de quatre cent à cinq cents échantillons par jour. Actuellement, nos capacités sont restreintes », précise-t-il.

Pr Lassana Sangaré, chef de Service de Bactériologie-Virologie

Les difficultés du service

Pour Pr Lassana Sangaré, chef de Service de Bactériologie-Virologie, les difficultés sont de plusieurs ordres. « La première difficulté est la capacité d’acheminer les échantillons au jour le jour. Nous avons des difficultés pour la collecte quotidienne des échantillons puisqu’ils sont collectés de manière disparate dans la journée, stockés avant d’être envoyés au niveau du laboratoire. Notons que le stockage est effectué dans de bonnes conditions. Le deuxième problème est l’extraction que nous effectuons manuellement. Avec des automates, nous aurions pu multiplier par cinq ou six nos capacités pour avoir cinq cent ou six cent échantillons par jour. A l’heure actuelle, au-delà de cent vingt échantillons nous sommes déjà dans la nuit, avec les manipulations. Ces équipements que nous avons acquis sur la base d’activités antérieures au niveau du laboratoire. Tous les automates appartiennent à des projets existants. Le Covid-19 nous a tous surpris. On ne s’est pas préparé avec les moyens qu’il fallait, si bien que nous avons un déficit d’équipements et d’infrastructures. Mais dans la perspective de l’équipement qui est prévu pour les différents laboratoires, on espère que cet obstacle sera levé », confie-t-il.

L’extraction du matériel génétique du virus

L’espoir d’un vaccin dans le monde ?

Pr Lassana Sangaré estime qu’on peut trouver un vaccin, mais il faut que le monde scientifique pousse un peu plus la réflexion. « Ce virus est curieux. Il n’est pas comme les autres (SRAS-COV 1 ; MERS-COV). Il est différent. C’est un virus à ARN de polarité positive. Habituellement, ce sont des virus qui se multiplient vite et lorsqu’ils n’ont pas la capacité de toucher au noyau de la cellule, ils peuvent être éliminés. Maintenant, nous nous rendons compte, après ce qu’on a constaté ici et ailleurs, que même après la prise en charge, nous avons l’impression que les choses vont mieux, le virus reste encore dans le corps. Dans des cas similaires, il est vite éliminé. Cela laisse penser à plusieurs hypothèses sur le pouvoir pathogène du virus. Ce sont des hypothèses à vérifier et à découvrir. Nous pensons que très rapidement la clarté sera faite. L’espoir d’un vaccin existe. On sait désormais qu’il y a une protéine à la surface du virus, que l’on appelle spicule, qui pourrait être le support pour le développement de vaccins à l’avenir. Travaillons et voyons ce qui va se passer au lieu d’attendre », conclut-il.

Pour mémoire, le Service de Bactériologie-Virologie est l’un des trois (03) centres de diagnostic du coronavirus (Covid-19) à Ouagadougou. Les deux autres sont : le Laboratoire national de santé publique (LNSP) ; le Centre de recherche biomoléculaire Pietro Annigoni (CERBA). Ces laboratoires travaillent de manière alternée dans la semaine.

Jean-Yves Nébié

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