Le Laboratoire Central de Référence (LCR) de l’Institut National de Santé Publique (INSP), en partenariat avec la FAO à travers le financement Pandemic Funds, a organisé, le 16 décembre 2025, à l'Hôtel Silmandé, l'atelier de validation du protocole national de surveillance génomique environnementale des pathogènes à potentiel épidémique au Burkina Faso. Au cours de cette rencontre, les parties prenantes (ministères, institutions de recherche, partenaires techniques et financiers) ont procédé à la validation dudit protocole qui entre dans le cadre du projet « Renforcement des systèmes de surveillance des maladies, de la capacité des laboratoires et des compétences du personnel pour la préparation et la coordination des urgences sanitaires ».
Selon Pr Isidore Bonkoungou, Directeur du Laboratoire Central de Référence (LCR), spécialiste en Microbiologie et virologie, le Burkina Faso se distingue comme l’un des premiers pays en Afrique à inscrire durablement ce type de surveillance dans son système national de santé publique.
« Jusqu’ici, la plupart des initiatives dans le monde étaient conduites sous forme de projets de recherche. Notre pays franchit aujourd’hui une étape décisive en institutionnalisant cette approche, en cohérence avec la vision « Une Seule Santé » et avec les recommandations internationales. Ce protocole, élaboré grâce au financement de la FAO à travers Pandemic Fund, avec l’appui technique de l’Africa CDC, du CDC Atlanta et de l’OMS, constitue un cadre stratégique pour renforcer la détection précoce, la caractérisation génomique et le suivi des pathogènes prioritaires ainsi que des gènes de résistance aux antimicrobiens. Il s’inscrit dans le Plan stratégique national de surveillance génomique 2025–2029 et vient enrichir notre dispositif de préparation et de riposte face aux menaces sanitaires émergentes et ré-émergentes », a-t-il affirmé.
Pourquoi ce protocole de surveillance ?
Concrètement, la pandémie de la Covid-19 a mis en évidence la nécessité d'une surveillance intégrée dans une approche One Health et l'intérêt de la surveillance génomique dans les systèmes de surveillance en santé publique. L’émergence et la réémergence d’agents pathogènes prioritaires tels que le poliovirus, le virus du Mpox, les virus entériques à l’origine des maladies diarrhéiques, le virus de la dengue et le virus Zika, soulignent l’urgence de renforcer la surveillance environnementale des pathogènes à travers les eaux usées. Ce dispositif permet d’identifier rapidement des mesures adéquates afin de prévenir l’éclosion de maladies aux conséquences sanitaires, économiques et sociales potentiellement désastreuses, a-t-il expliqué.
En tirant des leçons de la surveillance de la Covid-19 dans les eaux usées, le Burkina Faso a souhaité intégrer la surveillance génomique environnementale des pathogènes à travers les eaux usées dans la surveillance en santé publique. Dans cette dynamique, et en droite ligne du protocole continental de surveillance des eaux usées porté par l’Africa CDC, le Laboratoire Central de Référence et ses partenaires ont élaboré un protocole national de surveillance génomique environnementale des pathogènes à potentiel épidémique. Avant cet atelier de validation, deux précédents ateliers ont permis d'élaborer le protocole : l'atelier d'élaboration du draft 0 par les acteurs (14 au 18 juillet 2025) et l'atelier de finalisation du draft du protocole (18 au 22 août 2025).
Pour Dr Pinguedwindé Dieudonné Illy, Expert en épidémiologie FAO/Burkina Faso, l'Organisation des Nations Unies pour l'alimentation et l'agriculture (FAO), dans le cadre de son mandat, joue un grand rôle dans la surveillance, la détection et la réponse aux maladies animales et zoonoses dans le cadre de l'approche One Health.
« Dans le cadre de la mise en œuvre du projet Pandemic Funds financé par la Banque mondiale, dont la FAO est l'entité de mise en œuvre au Burkina Faso, la FAO s'engage auprès des sectoriels à les accompagner dans l'élaboration d'outils pour leur permettre de répondre efficacement aux différents de surveillance, de détection et de réponse aux urgences sanitaires. C'est dans ce cadre que la FAO appuie le LCR pour l'élaboration de ce protocole de surveillance génomique qui permettra de mieux détecter et caractériser les différents pathogènes qui menacent le système de santé afin de mettre en place des actions efficaces de lutte », a-t-il affirmé.
Du reste, Pr Nicolas Barro, Enseignant-chercheur à l'Université Joseph Ki-Zerbo, Conseiller technique au ministère de l'Enseignement supérieur, de la Recherche et de l'Innovation, et point focal One Health dudit ministère, a salué la pertinence du protocole.
« Il faut saluer l'esprit d'avoir un ensemble de partenaires aux côtés des acteurs sectoriels pour réfléchir sur un outil important pour mener une lutte après l'identification d'un certain nombre de pathogènes qui nous menacent. Avec cette réflexion du Burkina Faso et de ses partenaires, cet outil a été élaboré. Cet outil qui est le protocole de surveillance est fondamental. Nous pensons que les réflexions vont nous permettre, que d'une même voix, on s'accorde sur le protocole pour identifier et caractériser les pathogènes afin de mener une lutte concertée et efficace contre les pathogènes qui minent notre existence », a-t-il conclu.
En validant ce protocole national, le Burkina Faso affirme sa volonté d’inscrire durablement la surveillance génomique environnementale au cœur de son système de santé publique. Fort du soutien de ses partenaires et en cohérence avec la vision « Une Seule Santé », le pays se prépare à franchir une nouvelle étape décisive : le lancement, dès le début de l’année 2026, de la phase pilote d’implémentation de cette surveillance. Cette initiative pionnière marque un tournant stratégique pour anticiper les crises sanitaires, renforcer la résilience nationale et contribuer à la sécurité sanitaire régionale et mondiale.
Jean-Yves Nébié
