Pakyendou Estel Name a soutenu, le jeudi 29 janvier 2026, à l'Université Joseph Ki-Zerbo, sa thèse de Doctorat Unique en Sciences Biologiques Appliquées, spécialité Biochimie-Microbiologie/Virologie-Bioinformatique. Ses travaux de recherche ont porté sur le thème : « Épidémiologie moléculaire des virus à ADN circulaire simple brin infectant la patate douce (Ipomoea batatas [L.] Lam) au Burkina Faso par l'approche Oxford Nanopore Technologies ». Au terme de sa brillante présentation, les éminents membres du jury ont déclaré Pakyendou Estel Name admis au grade de Docteur, avec la mention très honorable et les félicitations du jury.
Selon Pakyendou Estel Name, la patate douce représente une culture stratégique pour la sécurité alimentaire et nutritionnelle au Burkina Faso, mais sa production est fortement menacée par les maladies virales, notamment celles causées par les virus à ADN circulaire simple brin.
« Sa propagation végétative favorise la persistance de ces agents pathogènes, l’émergence d’infections mixtes et la diversification virale. Toutefois, au Burkina Faso, l’épidémiologie et la diversification de ces virus demeurent encore peu documentées en raison des limites des méthodes classiques de diagnostic et de caractérisation. Cette étude visait alors à documenter la diversité et l’épidémiologie moléculaire des virus à ADN circulaire simple brin associés à la patate douce au Burkina Faso par l’approche de séquençage Nanopore. Un total de 98 feuilles séchées symptomatiques issues d’une bio-banque ont été analysés par séquençage nanopore, après extraction de l’ADN total et enrichissement par amplification en cercle roulant (RCA). En parallèle, les virus à ARN associés ont été également explorés par séquençage nanopore ciblé. Les données générées ont été analysées à l’aide d’un pipeline bioinformatique optimisé. La RCA a permis l’amplification de 53 échantillons. Les analyses ont révélé une importante diversité virale. Le Sweet potato leaf curl virus (SPLCV) était le virus le plus fréquent, avec 28 génomes complets et 25 génomes partiels obtenus, dont deux isolats génétiquement divergents (91-93 % d’identité nucléotidique). Le Sweet potato symptomless virus 1 (SPSMV-1) a été détecté pour la première fois au Burkina Faso, en co-infection avec le SPLCV. Les deltasatellites associés au SPLCV (50 génomes complets et 2 partiels) ont été caractérisés.
Leur faible identité nucléotidique (< 86 %) avec les séquences de référence suggère l’existence de deltasatellites génétiquement distincts circulant dans la région. L’analyse du virome à ARN a mis en évidence des co-infections fréquentes impliquant le Sweet potato feathery mottle virus (SPFMV) et le Sweet potato chlorotic stunt virus (SPCSV), le SPFMV étant majoritairement associé au SPLCV. Quatre génomes complets de SPFMV ont été assemblés et rattachés au phylogroupe B, avec une structuration en sous-groupes reflétant une diversité intraspécifique. Par ailleurs, le Pepper yellow vein Mali virus (PepYVMV), le Cotton leaf curl Gezira alphasatellite (CLCuGeA) et le Cotton leaf curl Gezira betasatellite (CLCuGeB) ont été identifiés pour la première fois sur la patate douce, avec une proximité phylogénétique avec des isolats infectant la tomate, le gombo et le piment », a-t-il affirmé.
L'intérêt de l'étude
Aussi, il a indiqué que « ces résultats mettent en évidence une diversité virale jusqu’alors sous-documentée et soulignent le rôle potentiel de la patate douce comme réservoir de complexes viraux. Ils confirment la nécessité d’une surveillance moléculaire continue afin de mieux comprendre l’évolution des infections mixtes, d’affiner les stratégies de gestion phytosanitaire et de renforcer durablement la sécurité alimentaire », a-t-il souligné.
Le jury
Le jury était présidé par le Pr Jacques Simporé, Professeur Titulaire de Biologie moléculaire et de Génétique moléculaire à l'Université Joseph Ki-Zerbo. Les membres étaient : Pr Koutoua Seka, Professeur Titulaire de Phytopathologie et de Pathologie moléculaire à l'Université Nangui Abrogoua, Côte d'Ivoire (Rapporteur) ; Dr Tounwendsida Abel Nana, Maître de Conférences de Phytopathologie à l'Université Joseph Ki-Zerbo (Rapporteur) ; Dr Kiswendsida Romaric Nanema, Maître de Conférences en Génétique à l'Université Joseph Ki-Zerbo (Examinateur) ; Dr Fidèle Tiendrébéogo, Maître de Recherche en Virologie et Biotechnologies au Centre National de la Recherche Scientifique et Technologique (Directeur de thèse).
À l’issue des délibérations, le jury a déclaré Pakyendou Estel Name admis au grade de Docteur en Sciences Biologiques Appliquées, spécialité Biochimie-Microbiologie/Virologie-Bioinformatique, avec la mention très honorable et les félicitations du jury.
Du reste, famille, amis et collègues étaient présents pour soutenir le candidat, qui a tenu à adresser ses remerciements au Programme WAVE, en particulier à Professeur Fidèle Tiendrébéogo, à Docteur Ezechiel B. Tibiri et à Professeur Justin Simon Pita.
Jean-Yves Nébié
PUBLICATIONS SCIENTIFIQUES TIRÉES DE LA THÈSE
ARTICLES
Pakyendou E. Name, Ezechiel B. Tibiri, Fidèle Tiendrébéogo, Seydou Sawadogo, Florencia Djigma, Lassina Traoré, Angela O. Eni, Justin S. Pita. Insights into Novel Viral Threats in Sweetpotato from Burkina Faso : Characterisation of Unexplored Pathogens, Viruses 2025, 17(9), 1222 ; https://doi.org/10.3390/v17091222.
Pakyendou E. Name, Ezechiel B. Tibiri, Fidèle Tiendrébéogo, Seydou Sawadogo, Florencia Djigma, Lassina Traoré, Angela O. Eni, Justin S. Pita. Unravelling the intra-species genomic diversity of sweetpotato-infecting CRESS-DNA and RNA viruses in Burkina Faso using Oxford Nanopore sequencing. Accepté pour publication dans Frontiers in Microbiology, section Virology.
COMMUNICATIONS ORALES ET AFFICHÉES
Pakyendou Estel NAME, Seydou SAWADOGO, Ezechiel Bionimian TIBIRI, Fidèle TIENDREBEOGO, Exploration of sweetpotato (Ipomoea batatas [L.] Lam) viromes using the Oxford Nanopore Technologies approach in Burkina Faso. 19èmes Rencontres de Virologie Végétale, Aussois du 15-19 janvier 2023 (France), Poster.
Estel P. NAME, Seydou SAWADOGO, Ezechiel B. TIBIRI, Justin S. PITA, Fidèle TIENDREBEOGO. Exploration of single-stranded circular DNA viruses of sweetpotato (Ipomoea batatas [L.] Lam) through Oxford Nanopore Technologies approach in Burkina Faso. 2ème édition des Doctoriales de l'Université Joseph KI-ZERBO, Ouagadougou du 12-14 Juillet 2023 (Burkina Faso). Poster.
Estel P. NAME, Seydou SAWADOGO, Ezechiel B. TIBIRI, Justin S. PITA, Fidèle TIENDREBEOGO. Viral metagenomics of single-stranded circular DNA viruses infecting sweetpotato (Ipomoea batatas [L.] Lam) in Burkina Faso. Atelier de fin de période du Laboratoire Mixte International (LMI Patho-Bios), Ouagadougou du 21-22 Mars 2024 (Burkina Faso). Communication orale.
Estel P. NAME, Seydou SAWADOGO, Ezechiel B. TIBIRI, Justin S. PITA, Fidèle TIENDREBEOGO. Unexpected virus reservoirs in vegetatively propagated plants: A case study of sweetpotato. 20èmes Rencontres de Virologie Végétale, Aussois du 19-23 janvier 2025 (France). Communication orale.
Name P. E., Tibiri B. E., Tiendrebeogo F., Sawadogo S., Pita J. S. Unexpected virus reservoirs in vegetatively propagated plants: A case study of sweetpotato. 15th symposium of the International Society of Tropical Root Crops-Africa Branch (ISTRC-AB), Abidjan du 3-7 février 2025 (Côte d'Ivoire). Communication orale.
Pakyendou E. Name, Ezechiel B. Tibiri, Fidèle Tiendrebeogo, Seydou Sawadogo, Florencia Djigma, Lassina Traoré, Angela O. Eni and Justin S. Pita. Uncovering the sweetpotato virome in Burkina Faso using Nanopore-based metagenomics and bioinformatics approaches. Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques (JOBIM), Bordeaux du 08-11 juillet 2025 (France). Poster.
