Seydou Sawadogo a soutenu, le jeudi 29 janvier 2026, à l'Université Joseph KI-ZERBO, sa thèse de Doctorat Unique en Sciences Biologiques Appliquées, spécialité Biochimie-Microbiologie-Virologie. Ses travaux de recherche ont porté sur le thème : « Épidémiologie participative des maladies virales du manioc (Manihot esculenta Crantz) par la surveillance assistée par l'intelligence artificielle et le séquençage à haut débit au Burkina Faso ». Après la brillante présentation des résultats des travaux, les éminents membres du jury ont déclaré Seydou Sawadogo admis au grade de docteur, avec la mention très honorable.
Selon Seydou Sawadogo, le manioc est la deuxième culture la plus importante des plantes à racines et tubercules dans le monde.
« Au Burkina Faso, sa culture s’est intensifiée grâce à l’augmentation des superficies emblavées. Cependant, sa production est menacée par des maladies virales : la maladie de la mosaïque africaine du manioc en anglais Cassava Mosaic Disease (CMD) et la maladie de la striure brune du manioc appelée Cassava Brown Streak Disease (CBSD). La surveillance épidémiologique classique, utilisant l’observation visuelle couplée au diagnostic de laboratoire par la réaction de polymérisation en chaîne (PCR) pour les contrôler, a démontré des insuffisances concernant leur prévention », a-t-il affirmé.
Par ailleurs, la présente thèse a exploré une approche basée sur la surveillance participative et le séquençage à haut débit. « Des prospections menées en 2020 et 2022 ont permis de recenser les contraintes des approches épidémiologiques classiques. Une surveillance participative collaborative a été instaurée avec des agents de vulgarisation agricole (AVA). Ces derniers, divisés en deux équipes pour l’évaluation sur le terrain, ont utilisé respectivement "PlantVillage Nuru", un outil basé sur l’intelligence artificielle (IA), et l’observation visuelle. Le diagnostic de chaque groupe a été comparé à la perception d’un expert appuyée du diagnostic par la PCR. Les échantillons difficiles à diagnostiquer par la PCR ont été soumis au séquençage de troisième génération avec la technologie Oxford Nanopore (ONT). Avec la surveillance épidémiologique classique, le délai de prospection des champs et de diagnostic de laboratoire était de 14 et 6 mois respectivement en 2020 et 2022. Le pourcentage de champs infectés par la CMD était de 41,67% en 2020 et 17,32% en 2022. L’ACMV (African cassava mosaic virus) était le plus fréquent (93,85%) en 2020 et 2022 avec 75,95%. Plusieurs génotypes menaçants de Bemisia tabaci ont été détectés, notamment SSA1-SG3 dans la région du Sud-Ouest, SSA2 dans le Centre-Sud et le Plateau-Central. Avec la surveillance participative, les ateliers de formation et l’allocation de 60 smartphones ont permis d’augmenter le taux de participation des AVA à 60% et le nombre de champs surveillés à 132 en deux mois », a-t-il souligné, tout en expliquant que « le pourcentage des champs infectés par la CMD était de 31,06 % avec une prédominance de l’ACMV. En comparant le taux moyen du diagnostic de la CMD, aucune différence significative n’a été révélée entre le groupe utilisant l’IA (p-value = 0,709) et celui de l’inspection visuelle (p-value = 0, 997). La moyenne du diagnostic de la CMD était de 29,83 ± 12,99 % pour l’IA, 37,12 ± 12,78 % pour l’expert et 36,10 ± 12,74 % pour la PCR. Pour le groupe de l’inspection visuelle, la moyenne était de 46,07 ± 13,00 % pour les AVA et l’expert, et 43,87 ± 12,07 % pour la PCR. Pour les échantillons symptomatiques négatifs avec la PCR, le séquençage ONT a révélé la présence de l’ACMV et l’ACMBFV (African cassava mosaic Burkina Faso virus) dans ces derniers. Le séquençage ONT a permis de générer le génome complet de l’ADN-A de l’ACMV ».
Quel est l'intérêt de l'étude ?
Concrètement, pour l'impétrant, l'intérêt est de mettre en place un scénario d'alerte précoce qui rapproche la communauté scientifique et les acteurs de terrain (agents d'agriculture, producteurs) autour de la surveillance participative.
Aussi, les outils numériques se présentent comme une opportunité pour connecter ces acteurs et faciliter la communication et la détection précoce des maladies virales du manioc.
Le jury
Le jury était présidé par Pr Nicolas Barro, Professeur Titulaire de Biologie-Microbiologie/Virologie à l'Université Joseph KI-ZERBO. Les membres étaient composés de : Pr Nazaire Koffi II Kouassi, Directeur de Recherche de Virologie moléculaire à l'Université Félix Houphouët-Boigny (Rapporteur) ; Dr Wendyam Marie Christelle Nadembega, Maître de Conférences de Biochimie-Microbiologie à l'Université Joseph KI-ZERBO (Rapporteure) ; Dr Koussao Somé, Maître de Recherche de Génétique et Amélioration des Plantes au Centre National de la Recherche Scientifique et Technologique (Rapporteur) ; Dr Tounwendsida Abel Nana, Maître de Conférences de Phytopathologie à l'Université Joseph KI-ZERBO (Examinateur) ; Dr Fidèle Tiendrébéogo, Maître de Recherche en Virologie et Biotechnologies au Centre National de la Recherche Scientifique et Technologique (Directeur de thèse).
À la fin des présentations, le jury a délibéré et a déclaré, Seydou Sawadogo, admis au grade de docteur en Sciences Biologiques Appliquées, spécialité Biochimie-Microbiologie-Virologie.
Du reste, famille, amis et collègues étaient présents pour soutenir le candidat, qui a tenu à adresser ses remerciements au Programme WAVE, en particulier à Professeur Fidèle Tiendrébéogo, à Docteur Ezechiel B. Tibiri et à Professeur Justin Simon Pita.
Jean-Yves Nébié
PUBLICATIONS SCIENTIFIQUES TIRÉES DE LA THÈSE
ARTICLES PUBLIÉS
Seydou Sawadogo, Fidèle Tiendrébéogo, Ezechiel B. Tibiri, Pakyendou E. Name, Florencia Djigma, Lassina Traoré, Justin S. Pita and Angela O. Eni. Cassava mosaic disease in Burkina Faso: epidemiological aspects and disease management perspectives. Discover Agriculture 3.1 (2025): 1-12. https://doi.org/10.1007/s44279-025-00386-2
Sawadogo S, Tiendrebeogo F, Tibiri EB, Name PE, Djigma F, Traoré L, Pita JS and Eni AO (2025). Artificial intelligence tool for cassava viral diseases diagnosis using participatory surveillance in Burkina Faso. Front. Sustain. Food Syst. 9:1597039. doi: 10.3389/fsufs.2025.1597039.
COMMUNICATIONS ORALES ET AFFICHÉES
Seydou SAWADOGO, Pakyendou E. NAME, Ezechiel B. TIBIRI, Fidèle TIENDREBEOGO. Artificial intelligence tool for cassava viral diseases diagnosis using participatory surveillance in Burkina Faso. 19ème Rencontres de Virologie Végétale. Aussois (France), du 15-19 Janvier 2023. Communication orale.
Seydou SAWADOGO, Pakyendou E. NAME, Ezéchiel B. TIBIRI, Fidèle TIENDREBEOGO. Artificial intelligence tool for cassava viral diseases diagnosis using participatory surveillance in Burkina Faso. Doctoriales UJKZ 2023, du 12-13 Juillet 2023. Communication orales.
Seydou SAWADOGO. Epidemiology of Cassava Mosaic Disease in Burkina Faso Based on Classic Surveillance. ‘10 ans de recherches en partenariat pour la santé des plantes en Afrique de l’ouest : Bilan et perspectives’. Atelier de fin de période du LMI PathoBios. IRD ouaga 21-22 Mars 2024. Communication flash de 180 secondes (Meilleur prix).
Sawadogo S., Tiendrébéogo F., Tibiri B. E., Name P. E., Pita J. S. Diversity of Cassava Whitefly Species Circulating in four Regions of Burkina Faso. 15th Symposium International Society for Tropical Root Crops, Africa Branch (ISTRC-AB), Azalai Hotel, Abidjan, Cote d’Ivoire, 3rd - 7th February 2025. Communication orale.
Seydou Sawadogo, Fidèle Tiendrebeogo, Ezechiel Bionimian Tibiri, Estel Pakyendou Name, Justin Pita. Improving Cassava Mosaic Disease detection through Oxford Nanopore Technologies Approach on cassava leave in Burkina Faso. 20ème Rencontres de Virologie Végétale. Aussois (France), du 19-23 Janvier 2025. Poster: Communication affichée.
