Le Burkina Faso a officiellement lancé, le lundi 17 août 2026, la mise en œuvre de son Protocole national de surveillance des pathogènes à potentiel épidémique et pandémique dans les eaux usées et dans l’environnement. L’initiative est inscrite dans une approche « One Health ».
Le Burkina Faso franchit une nouvelle étape dans le renforcement de son dispositif de préparation et de riposte face aux menaces sanitaires. En effet, la pandémie de COVID-19 a confirmé l'intérêt stratégique de la surveillance des eaux usées et environnementale (Wastewater and Environmental Surveillance (WES)) en tant qu'outil de santé publique. Cette approche offre une méthode précoce, non invasive et économique pour détecter la circulation d'agents pathogènes tels que le SARS-CoV-2, le poliovirus ou les bactéries résistantes aux antimicrobiens au sein des populations, en amont même des signalements cliniques.
En s'inscrivant dans la dynamique continentale impulsée par Africa CDC, ainsi que dans les orientations internationales en la matière, le Burkina Faso a élaboré son Protocole National WES. Ce processus a suivi une démarche inclusive et participative, dans une approche One Health. Il a été piloté par le Laboratoire central de référence (LCR), une des directions techniques de l'Institut national de santé publique (INSP), sous la tutelle du Ministère de la santé, en collaboration avec les services techniques du Ministère de l'agriculture, de l'eau, des ressources animales et halieutiques (MAERAH) et le Ministère de l'enseignement supérieur, de la recherche et de l'innovation (MESRI).
À travers ce protocole, le Burkina Faso entend renforcer ses capacités à détecter, à surveiller et à suivre la circulation de certains agents pathogènes dans l’environnement. La démarche vise notamment à compléter les systèmes classiques de surveillance fondés sur les données cliniques par des informations issues de la surveillance des eaux usées et de l'environnement.
Selon Pr Isidore Bonkoungou, Directeur technique du Laboratoire central de référence, la mise en œuvre de ce protocole permettra de détecter précocement la présence d'agent pathogènes à potentiel épidémique et pandémique. « C'est un outil de veille sanitaire moderne, économique et non invasif qui renforce les dispositifs déjà en place dans notre système de santé », a-t-il expliqué.
Dans la même dynamique, Dr Hamed Sidwaya Ouédraogo, Directeur de la protection de la santé de la population, a souligné les enjeux liés au renforcement de la surveillance et de la préparation du pays face aux futures menaces épidémiques et pandémiques.
« L'institutionnalisation de la surveillance des pathogènes permet de renforcer son rôle stratégique dans la prise de décision et d'être dans une veille sanitaire complète. C'est un choix de rationalité scientifique. Cette surveillance nous permettra de détecter la circulation du SARS-CoV-2, du poliovirus, etc. Cette surveillance ne remplace pas la surveillance classique, elle la complète. Ce protocole est l'aboutissement d'une démarche inclusive et participative », a-t-il affirmé.
Le Burkina Faso, un pays pionnier selon Africa CDC
La présentation de la stratégie continentale d’Africa CDC et de son accompagnement au Burkina Faso a été assurée par Dr Harris Onywera, bioinformaticien et spécialiste des données au Centre africain de contrôle et de prévention des maladies (Africa CDC). Son intervention a permis de situer le protocole national dans une dynamique plus large portée à l’échelle africaine.
Selon lui, la stratégie d’Africa CDC vise à accompagner les pays dans l’institutionnalisation de systèmes de surveillance des eaux usées. Cette approche ne doit toutefois pas se substituer à la surveillance clinique. Elle doit plutôt la compléter et la renforcer, depuis l’identification des sites de prélèvement jusqu’à la production de données, notamment génomiques, susceptibles d’éclairer les décisions de santé publique.
« Nous ne remplaçons pas la surveillance fondée sur les données cliniques, mais nous voulons la renforcer », a expliqué en substance Dr Onywera.
La stratégie continentale s’inscrit notamment dans l’approch « One Health », mais également dans les différents cadres africains et internationaux consacrés à la sécurité sanitaire, au développement et à la prévention et à la préparation aux pandémies.
Le Burkina Faso parmi les pays les plus avancés
Dr Harris Onywera a particulièrement salué l’expérience burkinabè. Selon lui, le Burkina Faso est le premier des 55 pays du continent à avoir traduit la stratégie d’Africa CDC en action nationale dans le domaine de la surveillance des eaux usées.
Le pays dispose déjà d’une expérience en matière de surveillance environnementale de la poliomyélite. Cette plateforme a ensuite servi de point d’appui pour expérimenter d’autres usages de la surveillance des eaux usées, notamment dans le cadre de la Covid-19 et de la mpox. Pour Africa CDC, cette expérience constitue ainsi une base sur laquelle le Burkina Faso peut s'appuyer pour élargir et institutionnaliser son dispositif.
Une approche multisectorielle au cœur du protocole
L’un des principes mis en avant par Dr Onywera est l’approche « One Health ». La surveillance des pathogènes dans les eaux usées ne relève en effet pas du seul secteur sanitaire.
La présence, lors de la cérémonie, de représentants des secteurs de la santé, de l’agriculture, de l’eau, de l’environnement, de la recherche et du monde académique illustre cette volonté de faire travailler ensemble différents acteurs. Cette dimension multisectorielle doit également permettre de faciliter la circulation et l’exploitation des données produites par le dispositif.
Le protocole burkinabè prévoit ainsi des mécanismes de partage des données entre les différentes structures concernées. Africa CDC encourage également le partage des données issues de la surveillance des eaux usées à l’échelle continentale.
De la détection à la décision
Pour Africa CDC, l’enjeu ne se limite pas à produire des données. Il s’agit surtout de faire en sorte que ces informations puissent être transformées en décisions de santé publique.
La surveillance des eaux usées peut notamment contribuer à détecter précocement la circulation de certains agents pathogènes et, à terme, à renforcer les capacités d’anticipation des autorités sanitaires.
Le protocole national reconnaît également le potentiel de cette surveillance dans la détection des pathogènes, mais aussi de la résistance aux antimicrobiens.
Cette ambition suppose cependant de renforcer les capacités nationales, notamment en matière de prélèvement, d’analyse, de séquençage génomique, de gestion des données et de ressources humaines.
Les prochains défis
Après l’adoption du protocole, l’un des principaux défis sera désormais celui de sa mise en œuvre effective et de sa pérennisation.
Dr Onywera a notamment appelé à renforcer le séquençage génomique des pathogènes, particulièrement au niveau du laboratoire national de référence et des sites sentinelles.
Il a également encouragé le Burkina Faso à s’appuyer sur les infrastructures et initiatives existantes, notamment les sites déjà utilisés pour la surveillance environnementale de la poliomyélite.
L’intégration des données de surveillance des eaux usées dans les systèmes nationaux existants constitue également une priorité. Pour Africa CDC, les données produites doivent pouvoir circuler efficacement vers les autorités compétentes et être utilisées en temps opportun pour orienter l’action sanitaire.
La question du financement apparaît, elle aussi, comme un enjeu majeur. Les initiatives de surveillance environnementale étant souvent soutenues par des financements extérieurs et limités dans le temps, leur pérennisation passe, selon Africa CDC, par une réflexion sur la mobilisation de ressources nationales.
Un accompagnement continental appelé à se poursuivre
Africa CDC entend poursuivre son accompagnement du Burkina Faso à travers plusieurs axes : création d’un environnement favorable à la surveillance des eaux usées, renforcement des capacités institutionnelles et techniques, formation des acteurs, appui en équipements, harmonisation et standardisation des protocoles et intégration de la surveillance environnementale dans les systèmes nationaux de santé. L’organisation entend également favoriser le partage d’expériences entre les pays africains à travers des mécanismes de collaboration et une communauté de pratique dédiée à la surveillance des eaux usées. L’objectif affiché est de permettre aux pays de partager leurs protocoles, leurs expériences et leurs bonnes pratiques afin d’accélérer la mise en œuvre de systèmes efficaces sur le continent.
Une initiative portée par plusieurs partenaires
Du reste, l'élaboration de ce document a bénéficié de l'appui technique et financier de plusieurs partenaires de premier plan, notamment la FAO à travers le projet « Pandemic Fund », l'Organisation Mondiale de la Santé (OMS), le CDC des États-Unis (CDC-US) et Africa CDC, Jhpiego, etc.
Ce lancement consacre le Burkina Faso parmi les pionniers africains à institutionnaliser la surveillance des eaux usées et environnementale au sein de ses stratégies nationales de surveillance, en cohérence avec le Plan stratégique national de surveillance génomique 2025–2029 et en concordance avec les cadres normatifs de l'OMS et du Programme des Nations Unies pour l'Environnement (UNEP).
Jean-Yves Nébié
Le Protocole national de surveillance des pathogènes à potentiel épidémique et pandémique dans les eaux usées et dans l’environnement
À la suite de la présentation de la stratégie continentale, Dr Salif Sombié, Chef du service de génomique des pathogènes, a présenté le Protocole national de surveillance des pathogènes à potentiel épidémique et pandémique dans les eaux usées et dans l’environnement.
Concrètement, le Burkina Faso a franchi une étape importante dans le renforcement de son dispositif de veille sanitaire. En août 2026, l'Institut national de santé publique (INSP), à travers son Laboratoire central de référence (LCR), a finalisé le Protocole national de surveillance des pathogènes à potentiel épidémique et pandémique dans les eaux usées et dans l'environnement.
Une leçon tirée de la pandémie de COVID-19
Il a rappelé que l'idée n'est pas nouvelle, mais elle a pris tout son sens avec la pandémie de COVID-19. Partout dans le monde, les autorités sanitaires ont découvert qu'un simple prélèvement d'eaux usées pouvait révéler l'état de santé d'une communauté entière, souvent bien avant que les premiers cas cliniques ne soient signalés dans les hôpitaux. Reconnue par Africa CDC comme un outil transformateur, non invasif et peu coûteux, cette approche permet de suivre la circulation d'agents pathogènes comme le SARS-CoV-2, le poliovirus ou encore les gènes de résistance aux antimicrobiens, en s'appuyant sur ce que rejettent, chaque jour, des milliers de foyers dans leurs canalisations.
Le contexte continental justifie amplement cet investissement : en 2023, l'Afrique a enregistré plus de 160 événements de santé publique, dont 90% étaient des épidémies de maladies infectieuses, la plupart d'origine zoonotique. Le Burkina Faso, confronté à des épidémies fréquentes et variées, ne pouvait rester en marge de cette dynamique continentale.
Le pays n'est donc pas parti de rien. Depuis 2016, la Direction de la prévention par les vaccinations (DPV) surveille le poliovirus dans les eaux usées, d'abord sur quatre sites à Ouagadougou, puis progressivement étendue à dix sites répartis entre la capitale et Bobo-Dioulasso. D'autres structures contribuaient également, chacune de son côté, à cette surveillance : la Direction du laboratoire d'analyse de la qualité de l'environnement, la Direction générale des ressources en eau, l'Office national de l'eau et de l'assainissement (ONEA), ou encore l'unité de génomique des pathogènes One Health de l'Université Joseph KI-ZERBO, active depuis 2024 sur la résistance aux antimicrobiens.
Mais ce paysage souffrait d'un défaut majeur : la dispersion. Pas de protocoles harmonisés, une génomique absente des dispositifs existants, un manque criant de personnel qualifié en bio-informatique, des données cloisonnées dans des systèmes qui ne communiquaient pas entre eux, et un financement presque entièrement dépendant de projets portés par des bailleurs extérieurs. C'est précisément pour combler ces lacunes que le nouveau protocole a été élaboré, dans une démarche participative associant les ministères de la Santé, de l'Agriculture-Eau-Ressources animales et de l'Enseignement supérieur.
Comment fonctionne le nouveau dispositif
Le protocole articule deux modalités complémentaires. D'une part, une surveillance sentinelle de routine, avec un suivi mensuel sur les dix sites historiques du poliovirus, destinée à établir une ligne de base et à détecter toute résurgence anormale. D'autre part, une surveillance agile et événementielle, déclenchée en cas d'alerte épidémique ou de besoin spécifique — camps, prisons, hôpitaux —, avec des prélèvements pouvant devenir quotidiens.
Neuf pathogènes prioritaires ont été retenus pour cette première phase : le SARS-CoV-2, le MPOX, le virus de l'hépatite E, le choléra, les salmonelles (dont la typhoïde), les virus de la grippe, la rougeole, la tuberculose et le poliovirus, auxquels s'ajoute la surveillance transversale des gènes de résistance aux antimicrobiens. Cette liste, construite selon la méthodologie en quatre étapes recommandées par l'OMS — importance en santé publique, faisabilité technique, faisabilité opérationnelle et acceptabilité —, a vocation à évoluer, notamment vers des arbovirus comme la dengue ou le Zika.
Sur le plan technique, les échantillons suivent un circuit précis : prélevés tôt le matin sur le terrain, ils sont acheminés via le Système intégré de transport des échantillons biologiques (SITEB) vers les laboratoires compétents. Le LCR assure la coordination d'ensemble, la culture bactérienne pour la résistance aux antimicrobiens revenant au laboratoire UGenoPath-OH/LaBESTA. Deux grandes familles de méthodes sont mobilisées : les approches dépendantes de la culture, qui permettent d'isoler et de caractériser précisément les souches, et les approches indépendantes de la culture — PCR et séquençage — plus rapides et mieux adaptées à une surveillance multicible.
Une gouvernance centralisée des données
Toutes les données produites transitent obligatoirement par le LCR, qui les valide avant de les transmettre à la Direction de la protection de la santé de la population (DPSP), point nodal de leur intégration dans le système national de surveillance épidémiologique. Une plateforme dédiée, STELab, assure la traçabilité des échantillons et des résultats, avec une connexion prévue à terme vers le tableau de bord continental d'Africa CDC.
Aucune donnée ne peut être diffusée avant cette transmission officielle à la DPSP. C’est une règle qui traduit le souci de maîtriser la communication autour de sujets sensibles.
La diffusion des résultats, une fois validée, emprunte plusieurs canaux : bulletins sanitaires mensuels, notes de politique à destination des décideurs, cafés-débats réunissant journalistes et société civile, mais aussi publications scientifiques dans des revues à comité de lecture, avec une préférence marquée pour les revues en accès ouvert.
Des responsabilités clairement réparties
Le texte détaille méticuleusement le rôle de chaque acteur. Le LCR coordonne, analyse, séquence et forme. La DPSP fait le lien avec la surveillance épidémiologique classique et notifie officiellement les cas. Le CORUS mobilise ces données pour la gestion des urgences sanitaires. Côté agriculture et eau, la DGRE, l'ONEA, le laboratoire national d'élevage et la Direction de la santé animale apportent leur expertise sur les sites, les prélèvements et l'interprétation des résultats liés aux zoonoses. Les collectivités territoriales et la société civile, enfin, sont associées à l'identification et à la sécurisation des sites ainsi qu'à la sensibilisation des populations riveraines.
Un enjeu de pérennité
Le protocole insiste sur un point : cette surveillance est une mission régalienne de l'État, qui ne peut reposer indéfiniment sur des financements extérieurs. Sa pérennisation suppose une appropriation institutionnelle durable, une évaluation rigoureuse de ses coûts de fonctionnement, et l'adoption progressive de technologies de diagnostic plus abordables. Un ensemble d'indicateurs chiffrés (taux de fonctionnalité des sites, délais de transport et d'analyse, taux de séquençage, délai de réactivité du système face à une alerte) permettra d'en mesurer l'efficacité dans la durée.
En clair, le Burkina Faso se donne les moyens de « lire » l'état sanitaire de sa population dans ses eaux usées, plusieurs jours avant que les premiers malades ne se présentent dans les centres de santé — une avance précieuse dans un pays régulièrement confronté aux épidémies.
Jean-Yves Nébié
